【佳學(xué)基因檢測(cè)】肺癌靶向藥物基因檢測(cè)為什么要包含RET重排

肺癌靶向藥物基因檢測(cè)導(dǎo)讀：

個(gè)性化藥物治療肺癌患者的約來越常見的做法是利用分子靶向藥物和免疫檢查點(diǎn)抑制劑，這些藥物具有良好的治療反應(yīng)率和長(zhǎng)期預(yù)后。迄今為止，美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）及中國食藥局已批準(zhǔn)針對(duì)表皮生長(zhǎng)因子受體（EGFR）突變、間變性淋巴瘤激酶（ALK）融合基因、ROS1、BRAF、MET外顯子14跳躍突變、RET融合基因及其相應(yīng)的分子靶向藥物。此外，KRAS突變、EGFR和HER2外顯子20插入及其相應(yīng)的分子靶向藥物也經(jīng)進(jìn)入基因解碼的分析評(píng)估范圍，并指導(dǎo)藥物的選擇使用。

然而，在佳學(xué)基因等基因解碼機(jī)構(gòu)面向公眾提供高質(zhì)量基因檢測(cè)的之前，患者的治療可能會(huì)在沒有檢測(cè)到罕見突變的情況下進(jìn)行。據(jù)佳學(xué)基因腫瘤靶向用藥基因檢測(cè)大數(shù)據(jù)分析，惡性腫瘤和細(xì)胞毒性藥物的治療效果可能因基因突變類型的不同而有所不同。因此，即使是突變陽性的晚期肺腺癌，也可以在不使用分子靶向藥物的情況下維持長(zhǎng)期的臨床進(jìn)展。特別是在治療初期成功的情況下，由于在長(zhǎng)期存放的情況下，核酸質(zhì)量會(huì)發(fā)生改變，前期獲得的樣本可能不適合進(jìn)行腫瘤基因面板或者是基因檢測(cè)包檢測(cè)。此外，由于病變可能因治療而發(fā)生變化，選擇同一位置進(jìn)行再次活檢可能會(huì)很困難。佳學(xué)基因在案例集中有，在初始診斷七年后再次活檢后，通過基因面板檢測(cè)可檢測(cè)到RET融合。連續(xù)使用分子靶向藥物塞爾帕替尼selpercatinib顯示出明顯的療效。

肺癌靶向藥物塞爾帕替尼

塞爾帕替尼是一種分子靶向藥物，屬于酪氨酸激酶抑制劑（tyrosine kinase inhibitor，TKI）的一種。它主要用于治療某些惡性腫瘤中的特定基因變異，如RET融合基因陽性的肺癌、甲狀腺癌和其他實(shí)體瘤。

塞爾帕替尼的作用機(jī)理是通過抑制腫瘤細(xì)胞中的激酶活性，特別是靶向RET激酶。RET是一種酪氨酸激酶受體，在正常情況下參與細(xì)胞生長(zhǎng)和分化的調(diào)控。然而，在某些癌癥中，RET基因可能發(fā)生融合，導(dǎo)致異常激活和增強(qiáng)的信號(hào)傳導(dǎo)，促進(jìn)腫瘤的生長(zhǎng)和擴(kuò)散。塞爾帕替尼通過抑制RET激酶的活性，阻斷異常的信號(hào)傳導(dǎo)通路，從而抑制腫瘤的增殖和生存能力。

塞爾帕替尼具有高度的選擇性，主要針對(duì)RET激酶，對(duì)其他酪氨酸激酶（如EGFR、ALK等）的抑制作用較低。這種高度選擇性有助于減少不必要的副作用，并提高治療的有效性。

總的來說，塞爾帕替尼是一種靶向RET激酶的分子靶向藥物，通過抑制異常的信號(hào)傳導(dǎo)通路，抑制腫瘤的增殖和生存能力，從而在RET融合基因陽性的肺癌、甲狀腺癌和其他實(shí)體瘤的治療中顯示出顯著的療效。

佳學(xué)基因使用過去貯存的肺癌腫瘤進(jìn)行基因檢測(cè)并找到靶向藥物的啟示

很多基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)只進(jìn)行單基因、單位點(diǎn)突變檢測(cè)，單基因突變通常通過單重PCR方法進(jìn)行檢測(cè)。PCR具有高靈敏度和特異性、快速反應(yīng)時(shí)間和相對(duì)較低的成本，主要用于檢測(cè)EGFR基因的突變，因此得到了廣泛應(yīng)用。然而，隨著過去五年來基因解碼技術(shù)的推廣及普及，更多的肺癌驅(qū)動(dòng)基因被發(fā)現(xiàn)并且用于研發(fā)腫瘤靶向藥物。由于時(shí)間和樣本消耗的限制，依次檢測(cè)測(cè)單個(gè)基因突變變得不切實(shí)際。早在2014年，佳學(xué)基因例便推出了基檢測(cè)包，臨床醫(yī)院推出基因面板檢測(cè)，可以同時(shí)評(píng)估850個(gè)以上的癌癥相關(guān)的基因，類似的基因檢測(cè)項(xiàng)目在美國也已經(jīng)出現(xiàn)，并且是美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）批準(zhǔn)的非小細(xì)胞肺癌測(cè)試中的首批NGS面板之一。然而，高通量腫瘤靶向藥物基因檢測(cè)需要收集組織樣本中足夠的惡性細(xì)胞并經(jīng)過嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)流程進(jìn)行樣本處理。此外，如果樣本收集后未經(jīng)特殊儀器保存，會(huì)出現(xiàn)核酸的降解。由于核酸質(zhì)量的惡化，樣本通常不再適合進(jìn)行基因面板測(cè)試。佳學(xué)基因的病例中有的初步診斷已超過7年，在假設(shè)在這段時(shí)間內(nèi)核酸質(zhì)量可能已經(jīng)惡化的情況下，佳學(xué)基因進(jìn)行了原發(fā)病灶的再活檢。

這是一個(gè)罕見的病例，對(duì)于原發(fā)病灶，細(xì)胞毒性化療和隨后的維持治療非常有效。通常，對(duì)于突變陽性晚期肺腺癌，細(xì)胞毒性化療的無進(jìn)展生存期約為6個(gè)月，繼續(xù)治療往往很少超過一年。即使在超越疾病進(jìn)展（beyond-PD）之后繼續(xù)治療，在大多數(shù)情況下，由于全身性疾病的惡化，不可避免地需要調(diào)整治療方案。沒有使用分子靶向藥物的具有基因突變的肺腺癌的患者預(yù)后通常較差，但也有一些病例在很長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)觀察到腫瘤發(fā)展。特別是，據(jù)報(bào)道，RET融合肺癌顯示出較緩慢的臨床進(jìn)展。因此，與佳學(xué)基因本例的患者一樣，在長(zhǎng)期臨床過程中使用其他基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)沒有檢測(cè)到罕見突變的病例是存在的。

塞爾帕替尼與其他分子靶向治療類似，具有足夠的全身效應(yīng)，包括對(duì)腦轉(zhuǎn)移的治療作用。通常，對(duì)于基因突變陽性肺腺癌的一線治療是相應(yīng)的分子靶向藥物；然而，這個(gè)案例表明，當(dāng)通過順序治療以追求最長(zhǎng)的總生存期時(shí)，藥物使用順序可能很重要。在一項(xiàng)針對(duì)RET陽性肺癌的3期研究中，將闡明分子靶向藥物的療效，以及與細(xì)胞毒性藥物的治療效果。值得注意的是，佳學(xué)基因能夠從7年前的胸腔積液細(xì)胞塊中提取RNA，并檢測(cè)到RET融合，這些細(xì)胞塊含有較低比例的惡性細(xì)胞。

佳學(xué)基因肺癌患者臨床狀況介紹

一名67歲的男性，從未吸煙，無顯著病史，因?yàn)樽髠?cè)大量胸腔積液（圖1A）被轉(zhuǎn)診至佳學(xué)基因腫瘤基因檢測(cè)病例交換醫(yī)院。對(duì)左側(cè)胸腔積液進(jìn)行的細(xì)胞學(xué)評(píng)估顯示V級(jí)腺癌，與細(xì)胞塊病理評(píng)估一致。使用滑石粉進(jìn)行胸膜固定后，肺部膨脹良好，左S1 + 2a處出現(xiàn)一顆25×17mm的結(jié)節(jié)，被認(rèn)為是原發(fā)病灶（圖1B）。臨床上，他被診斷為腺癌T1cN3M1a，IVA期。初次基因突變篩查進(jìn)行于七年前，使用其他機(jī)構(gòu)的進(jìn)行的EGFR突變和ALK免疫組化（IHC）測(cè)試結(jié)果均為陰性。

圖1：在第一次就診到開始進(jìn)行第二次治療期間，患者7年間原發(fā)病灶的順序圖像

一線治療包括卡鉑+培美曲塞+貝伐單抗，經(jīng)過4個(gè)療程后獲得近乎有效緩解（CR），但鼻出血仍然持續(xù)，僅進(jìn)行培美曲塞維持治療。在維持治療的25個(gè)療程中實(shí)現(xiàn)了CR（圖1C），但由于腎功能輕微惡化，治療暫時(shí)中斷。治療結(jié)束后一年，CT顯示原發(fā)病灶輕微進(jìn)展（圖1D），但反復(fù)速度較慢。確認(rèn)CT反復(fù)一年后（圖1E），重新開始培美曲塞單藥治療，原發(fā)病灶和淋巴結(jié)減?。▓D1F）。然而，在進(jìn)行了32個(gè)維持治療療程后，出現(xiàn)了快速的全身進(jìn)展。由于原發(fā)病灶再生（圖1G）、對(duì)側(cè)肺轉(zhuǎn)移、多發(fā)性肝轉(zhuǎn)移、右側(cè)腎上腺轉(zhuǎn)移和多發(fā)性腦轉(zhuǎn)移（圖2A、B），需要調(diào)整他的治療方案。

通過支氣管鏡對(duì)原發(fā)病灶進(jìn)行再活檢，細(xì)胞學(xué)評(píng)估顯示V級(jí)腺癌，組織學(xué)評(píng)估證實(shí)了這一結(jié)果。腫瘤正確用藥850基因檢測(cè)確認(rèn)患者為RET融合基因陽性，隨后于第二天給予240mg塞爾帕替尼。第13天的CT顯示與基線影像相比（圖1H），所有轉(zhuǎn)移病灶，包括腦轉(zhuǎn)移（圖2C、D），均有良好的全身反應(yīng)。由于2級(jí)肝酶升高，繼續(xù)給予劑量減少的塞爾帕替尼（每天160mg）。使用高敏感度的下一代測(cè)序（NGS）面板系統(tǒng)：肺癌緊湊面板，并使用細(xì)胞學(xué)刷液進(jìn)行RNA檢測(cè)，證實(shí)了融合基因KIF5B外顯子15；RET外顯子12（K15RET12）。腫瘤正確藥基因解碼基因檢測(cè)還能夠從7年前的胸腔積液細(xì)胞塊的福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）標(biāo)本中進(jìn)一步確認(rèn)RET（圖3A、B），這些標(biāo)本在惡性細(xì)胞的形態(tài)學(xué)上與再活檢樣本相似，具有大核仁（圖3C、D）。從初始細(xì)胞塊樣本中收集到的RNA（1256ng）具有RNA整合數(shù)（RIN）值為4.8。單重PCR和NGS檢測(cè)均檢測(cè)到了K15RET12融合峰（圖3）。

圖3 第一次診斷細(xì)胞塊的病理學(xué)發(fā)現(xiàn)顯示腺癌，并伴有許多淋巴細(xì)胞（A、B，H&E染色，原始放大倍數(shù)×400）。再次活檢樣本顯示有肺泡和導(dǎo)管結(jié)構(gòu)的腺癌（C、D，H&E染色，原始放大倍數(shù)分別為×200和×400）。通過PCR/NGS檢測(cè)從第一次診斷標(biāo)本中檢測(cè)到了融合KIF5B外顯子15；RET外顯子12，再活檢標(biāo)本則通過NGS檢測(cè)。

佳學(xué)基因還通過基因檢測(cè)獲得了有關(guān)PCR和NGS技術(shù)的額外信息。使用SYBR Green實(shí)時(shí)PCR分析和熔解曲線分析，檢測(cè)存檔的細(xì)胞塊樣本中的RET融合。采用KOD SYBR® qPCR/RT試劑盒（Toyobo）進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄和實(shí)時(shí)PCR。這些分析按照制造商的方案進(jìn)行。非腫瘤野生型樣本被并行作為陰性對(duì)照進(jìn)行分析。從熔解曲線色譜圖中78度的峰值是檢測(cè)融合陽性的標(biāo)準(zhǔn)。此外，通過對(duì)qPCR產(chǎn)物進(jìn)行NGS測(cè)序（Illumina Miseq 150 paired-end），確認(rèn)了融合邊界的序列。

對(duì)存檔的第一次診斷樣本還進(jìn)行了肺癌緊湊面板檢測(cè)。從該分析中，也檢測(cè)到了KIF5b外顯子15_RET外顯子12融合。從該分析中獲得了中等信號(hào)強(qiáng)度的融合變異（1,335個(gè)總測(cè)序讀數(shù)中的70個(gè)融合邊界陽性讀數(shù)）。肺癌緊湊面板檢測(cè)按照先前描述的方案進(jìn)行。肺癌緊湊面板對(duì)RET融合的檢測(cè)限度不超過1%的突變等位基因頻率。

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