【佳學(xué)基因檢測】唇腭裂需要做什么基因檢測？

唇腭裂是怎么發(fā)生的？

已發(fā)現(xiàn)多種因素會導(dǎo)致口腔裂的發(fā)生。裂隙可以是綜合征型的,并作為孟德爾綜合征的疾病表型而產(chǎn)生，這處情況下是遺傳的。它也可以作為與染色體異常引起的疾病而出現(xiàn)，也是可以遺傳的。同時,已經(jīng)證明胎兒期接觸某些致畸物質(zhì)和環(huán)境因素與口腔裂的發(fā)生有關(guān)。前面說的兩種情況，均需要通過基因檢測來明確。染色體異常所需要的基因檢測叫做染色體基因檢測。

唇腭裂是基因突變引起的科學(xué)證據(jù)證據(jù)，不知道唇腭裂的一個發(fā)病原因是基因的，說明了該醫(yī)生的水平有問題

不同研究已經(jīng)證明了顱面發(fā)育的復(fù)雜過程及用于理解其機制的不同策略。雙生子研究支持了基因因素影響口腔裂發(fā)生風(fēng)險的證據(jù)。一項口腔裂人群隊列研究顯示,唇裂的相對重復(fù)風(fēng)險為32,腭裂的風(fēng)險在一級親屬中高65倍。

隨著基因組技術(shù)的賊近進(jìn)步,許多研究已經(jīng)揭示了幾種不同的分子機制參與了綜合征性和非綜合征性口腔裂的致病原因,改進(jìn)了對分子網(wǎng)絡(luò)與其他遺傳通路的相互作用的理解。

環(huán)境因素是通過作用于人體的基因而引起唇腭裂的，基因是根本性原因

環(huán)境因素也已知對易感個體不同基因的非綜合征性唇腭裂發(fā)病起關(guān)鍵作用。例如,一些研究顯示孕婦吸煙與非綜合征性口腔裂相關(guān),二手煙也有此關(guān)聯(lián)。然而,這種關(guān)聯(lián)并不強烈,研究顯示孕期吸煙導(dǎo)致口腔裂的風(fēng)險較小,CLP的比值比約為1.3。然而,在遺傳易感性增加的情況下,這種效應(yīng)會被放大。這一現(xiàn)象在胎兒缺乏谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶GSTT1和GSTM1活性形式的吸煙母親身上尤為明顯,產(chǎn)生口腔裂風(fēng)險7倍的增加。

眾所周知,妊娠期飲酒具有致畸作用,并與胎兒酒精綜合征有關(guān)?；蚪獯a研究表明飲酒會增加口腔裂的風(fēng)險(單純唇裂或唇腭裂比值比=2.2,腭裂比值比=2.6),且該風(fēng)險與劑量相關(guān)。佳學(xué)基因正在研究這種關(guān)聯(lián)受酒精代謝的遺傳變異的影響。一項研究提出,參與酒精代謝的乙醇脫氫酶1C(ADH1C)的基因變異可能通過其在酒精代謝中的作用,與唇腭裂風(fēng)險相關(guān)。確切機制正通過基因解碼進(jìn)行明確。

基因解碼已經(jīng)很好地闡述了葉酸在預(yù)防神經(jīng)管缺損等出生缺陷中的預(yù)防作用。多項研究還評估了口腔裂發(fā)育與葉酸補充劑之間的關(guān)聯(lián),支持高劑量葉酸補充劑可顯著降低CLP風(fēng)險的保護(hù)作用。研究還尋找了葉酸和轉(zhuǎn)化生長因子α基因(TGFA)之間可能的基因-環(huán)境相互作用影響,以進(jìn)一步理解與口腔裂風(fēng)險的關(guān)聯(lián)。TGFA編碼由TGFα蛋白,是口腔裂的一個研究完好的候選基因,高表達(dá)于腭板上皮,在腭融合中起關(guān)鍵作用。研究調(diào)查了先進(jìn)妊娠期中TGFA遺傳多態(tài)性與葉酸缺乏的聯(lián)合作用,發(fā)現(xiàn)雙倍體TGFA TaqI A2等位基因的嬰兒口腔裂風(fēng)險增加3-8倍。當(dāng)TGFA變異與MSX1基因的致病變異聯(lián)合時,可使口腔裂風(fēng)險增加10倍,給出了基因-基因相互作用的例子。由于人種與基因型變異相關(guān),這可能意味著不同人種之間基因-環(huán)境相互作用的效應(yīng)變化,并可能解釋口腔裂患病率及流行病學(xué)地理和人種變異的部分原因。

唇腭裂基因檢測中應(yīng)當(dāng)怎樣使用一代測序？

在唇腭裂基因檢測中,可以考慮將一代測序技術(shù)與目標(biāo)基因捕獲技術(shù)相結(jié)合,具體應(yīng)用如下:

1. 設(shè)計一個針對已知與唇腭裂相關(guān)的致病基因或候選基因的捕獲芯片或引物組,包含IRF6、PVRL1、MSX1等多個基因。

2. 對患者的基因組DNA進(jìn)行 Fragment化,然后雜交至捕獲芯片或與捕獲引物進(jìn)行雜交,篩選出目標(biāo)序列。

3. 只對hybrid出的目標(biāo)序列進(jìn)行測序,這樣可以顯著降低測序量,提高cerning度。

4. 通過生物信息學(xué)分析檢測目標(biāo)基因區(qū)域是否存在已知或致病性未知的堿基變異。

5. 對重要位點進(jìn)行驗證,以確定變異與表型相關(guān)性。

6. 綜合臨床表型和遺傳學(xué)變異結(jié)果,進(jìn)行綜合判讀。

相比傳統(tǒng)的候選基因檢測方法,一代測序結(jié)合目標(biāo)捕獲可significantly提高檢出率,降低漏診的概率。同時,還可以檢測出更多未知病因變異。但需要注意結(jié)果判讀的標(biāo)準(zhǔn)化。總體來說,該技術(shù)方案可以顯著提高唇腭裂基因檢測的效率。

基因芯片基因檢測在唇腭裂基因檢測中的應(yīng)用

基因芯片技術(shù)在唇腭裂基因檢測中的應(yīng)用:

1. 設(shè)計包含已知唇腭裂相關(guān)基因的芯片:在芯片上包括IRF6、PVRL1、MSX1等已發(fā)現(xiàn)的唇腭裂致病基因或易感基因。

2. 使用患者DNA在芯片上雜交,生成芯片雜交圖。

3. 分析雜交圖譜,檢測這些基因區(qū)域是否存在拷貝數(shù)變異或雜合 deletion。

4. 綜合基因芯片檢測結(jié)果和表型,進(jìn)行唇腭裂患者的基因診斷。

5. 與正常對照組比較,可以找出唇腭裂組的一般性拷貝數(shù)變異規(guī)律。

6. 高分辨芯片還可以檢測出單堿基多態(tài)性,進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

7. 基因芯片可進(jìn)行家系合并分析,用于區(qū)分重組等情況。

相比單基因檢測,基因芯片可以在一個實驗中完成對多個候選基因的檢測。但需要注意結(jié)果解釋的規(guī)范化?；蛐酒梢燥@著提高唇腭裂基因檢測的通量。

染色體基因檢測可以發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致唇腭裂的哪些基因原因？

染色體基因檢測在診斷導(dǎo)致唇腭裂的基因缺陷方面具有以下優(yōu)勢:

1. 可以檢測出數(shù)目異常,如三體綜合征等染色體增多/減少導(dǎo)致的基因劑量失衡。

2. 可以發(fā)現(xiàn)大片段的重復(fù)缺失,如微重復(fù)/微缺失綜合征,其中某些與唇腭裂相關(guān)。

3. 可以檢出染色體重排,如易位、倒位等,從而發(fā)現(xiàn)破壞基因完整性的致病機制。

4. 高分辨染色體檢測可定位致病基因位點,如FISH定位特異探針。

5. 染色體微陣列技術(shù)可以更正確檢測拷貝數(shù)變異,找到更多微缺失/重復(fù)綜合征。

6. 可綜合臨床表型進(jìn)行系統(tǒng)性評估,發(fā)現(xiàn)綜合征相關(guān)的染色體病因。

7. 家系合并分析可以判斷親子關(guān)系,遺傳方式及來源方面的問題。

但是,染色體檢測不能發(fā)現(xiàn)點突變或小片段插入/缺失導(dǎo)致的單基因病,需要結(jié)合基因檢測才能提供完整的分子診斷?？傮w來說,染色體基因檢測仍是唇腭裂診斷中不可或缺的遺傳學(xué)手段。
 

以全外顯子測序為基礎(chǔ)的唇腭裂致病基因鑒定基因解碼在增加唇腭裂的致病基因的檢出率方面有什么明顯的優(yōu)勢？

以全外顯子組測序為基礎(chǔ)的唇腭裂致病基因鑒定,在增加唇腭裂致病基因檢出率方面具有以下明顯優(yōu)勢:

1. 全外顯子組測序可以非針對性地檢測所有編碼區(qū)序列,不限于已知的候選基因。

2. 可以發(fā)現(xiàn)編碼區(qū)的未知病因突變,大大拓寬檢測范圍。

3. 可檢測到點突變,插入缺失,堿基改變等多類致病變異。

4. 可進(jìn)行拷貝數(shù)分析,發(fā)現(xiàn)基因劑量效應(yīng)。

5. 可通過生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)可能致病的新基因和位點。

6. 可進(jìn)一步通過家系驗證,確定新發(fā)現(xiàn)變異與表型的關(guān)聯(lián)性。

7. 大樣本驗方可揭示人群特異性突變譜和熱點。

8. 有助于建立唇腭裂的致病基因數(shù)據(jù)庫。

9. 新發(fā)現(xiàn)的致病基因還可應(yīng)用于產(chǎn)前診斷和遺傳咨詢。

10. 可為功能實驗提供新靶點,拓寬分子機制研究。

因此,全外顯子組測序解碼可以極大地提高唇腭裂患者的致病基因檢出率,有利于遺傳學(xué)診斷,也可推動病因研究。但需要規(guī)范化分析流程和結(jié)果判讀。

唇腭裂需要做什么基因檢測？

唇腭裂通常需要進(jìn)行以下幾類基因檢測:

1. 染色體核型分析

通過外周血細(xì)胞制備染色體,通過顯微鏡分析檢測大規(guī)模的染色體數(shù)目和結(jié)構(gòu)異常,如三體綜合征等。

2. 染色體微數(shù)組分析

使用DNA芯片比較基因拷貝數(shù),可以更正確地檢測出微小的重復(fù)性拷貝數(shù)變異。

3. 已知致病基因檢測

采用PCR或基因芯片的方法,檢測已報道與唇腭裂相關(guān)的致病基因,如IRF6、PVRL1、MSX1等。

4. 全外顯子組測序

非針對性地測序所有編碼區(qū)序列,可以發(fā)現(xiàn)編碼區(qū)未知的致病突變。

5. 家系驗證

通過遺傳分析確認(rèn)檢測出的致病變異與表型相關(guān)性。

6. 產(chǎn)前基因診斷

對胎兒DNA進(jìn)行基因檢測,評估胎兒唇腭裂發(fā)生風(fēng)險。

綜上,唇腭裂需要多技術(shù)并聯(lián)的基因檢測,才能提高檢出率,找到更多致病或易感位點,為診斷和治療提供依據(jù)。同時還需要規(guī)范結(jié)果判讀。